# Supplementary Data for:
#
# S Pechmann & J Frydman. Evolutionary conservation of codon optimality reveals
# hidden signatures of co-translational folding. Nat Struct Mol Biol (2012)
#
#
# Classical translational efficiency scales
#
# This is the tRNA adaptation index (tAI) for the 61 sense codons as derived by
# dos Reis et al. (Nucleic Acids Res 32:5036-5044, 2004) for the yeasts
#
# S.cerevisiae (Scer), C.glabrata (Cgla), D.hansenii (Dhan), K.lactis (Klac),
# S.bayanus (Sbay), S.kluyveri (Sklu), S.mikatae (Smik), S.paradoxus (Spar),
# S.pombe (Spom), Y.lipolytica (Ylip)

codons	Scer	Cgla	Dhan	Klac	Sbay	Sklu	Smik	Spar	Spom	Ylip
TTT	0.27	0.203	0.247	0.214	0.284	0.225	0.338	0.284	0.22	0.212
TTC	0.616	0.463	0.562	0.486	0.647	0.513	0.68	0.564	0.502	0.482
TTA	0.431	0.232	0.632	0.292	0.471	0.192	0.406	0.421	0.201	0.028
TTG	0.754	0.691	0.483	0.774	0.798	0.767	0.13	0.135	0.466	0.094
TCT	0.677	0.694	0.492	0.584	0.882	0.705	0.58	0.579	0.703	0.595
TCC	0.488	0.5	0.354	0.42	0.635	0.508	0.418	0.417	0.506	0.429
TCA	0.185	0.154	0.211	0.195	0.294	0.128	0.232	0.211	0.201	0.057
TCG	0.121	0.126	0.138	0.16	0.153	0.105	0.132	0.12	0.165	0.132
TAT	0.216	0.203	0.185	0.214	0.207	0.197	0.204	0.162	0.176	0.174
TAC	0.493	0.463	0.421	0.486	0.471	0.449	0.464	0.368	0.402	0.397
TGT	0.108	0.102	0.123	0.128	0.103	0.141	0.102	0.069	0.132	0.1
TGC	0.246	0.232	0.281	0.292	0.235	0.32	0.232	0.158	0.301	0.227
TGG	0.369	0.386	0.281	0.389	0.471	0.32	0.348	0.316	0.301	0.368
CTT	0.027	0.034	0.14	0.043	0.026	0.028	0.026	0.023	0.502	0.595
CTC	0.062	0.077	0.101	0.097	0.059	0.064	0.058	0.053	0.361	0.429
CTA	0.185	0.309	0	0.195	0.176	0.192	0.174	0.158	0.1	0.057
CTG	0.059	0.099	0.07	0.062	0.056	0.126	0.056	0.05	0.132	0.387
CCT	0.123	0.077	0.07	0.097	0.118	0.092	0.116	0.105	0.602	0.595
CCC	0.089	0.056	0.051	0.07	0.085	0.11	0.084	0.076	0.434	0.429
CCA	0.616	0.54	0.492	0.681	0.529	0.641	0.464	0.579	0.201	0.085
CCG	0.197	0.173	0.157	0.218	0.169	0.205	0.148	0.185	0.165	0.084
CAT	0.189	0.203	0.154	0.171	0.181	0.169	0.178	0.162	0.176	0.149
CAC	0.431	0.463	0.351	0.389	0.412	0.385	0.406	0.368	0.402	0.34
CAA	0.554	0.463	0.492	0.584	0.588	0.641	0.406	0.474	0.402	0.085
CAG	0.239	0.302	0.228	0.284	0.306	0.269	0.13	0.204	0.329	0.452
CGT	0.369	0.309	0.351	0.292	0.353	0.32	0.29	0.263	0.803	0.028
CGC	0.266	0.222	0.253	0.21	0.254	0.231	0.209	0.19	0.578	0.02
CGA	0	0	0	0	0	0	0	0	0.1	0.709
CGG	0.062	0.077	0.07	0.097	0.059	0.064	0.225	0.223	0.132	0.227
ATT	0.8	0.694	0.632	0.681	0.765	0.769	0.754	0.632	0.803	0.737
ATC	0.576	0.5	0.455	0.49	0.551	0.554	0.543	0.455	0.578	0.531
ATA	0.123	0.154	0.14	0.097	0.118	0.064	0.058	0.158	0.1	0.028
ATG	0.616	0.54	0.492	0.584	0.647	0.641	0.638	0.579	0.703	0.51
ACT	0.677	0.694	0.562	0.584	0.765	0.705	0.58	0.602	0.703	0.624
ACC	0.488	0.5	0.404	0.42	0.551	0.508	0.418	0.47	0.506	0.449
ACA	0.246	0.232	0.14	0.195	0.235	0.128	0.29	0.211	0.201	0.085
ACG	0.14	0.151	0.115	0.16	0.134	0.105	0.151	0.12	0.165	0.084
AAT	0.27	0.305	0.247	0.256	0.258	0.253	0.255	0.231	0.264	0.199
AAC	0.616	0.694	0.562	0.584	0.588	0.577	0.58	0.526	0.602	0.454
AAA	0.431	0.232	0.492	0.389	0.412	0.32	0.406	0.368	0.301	0.113
AAG	1	1	1	1	0.955	1	1	0.855	1	1
AGT	0.054	0.102	0.062	0.085	0.103	0.113	0.051	0.092	0.132	0.075
AGC	0.123	0.232	0.14	0.195	0.235	0.256	0.116	0.21	0.301	0.17
AGA	0.677	0.694	0.702	0.681	0.647	0.769	0.58	0.737	0.201	0.113
AGG	0.278	0.299	0.295	0.315	0.266	0.31	0.244	0.288	0.165	0.065
GTT	0.862	0.772	0.772	0.681	0.824	0.897	0.696	0.684	0.904	0.68
GTC	0.621	0.556	0.556	0.49	0.593	0.646	0.501	0.493	0.651	0.49
GTA	0.123	0.154	0.07	0.097	0.118	0.064	0.116	0.105	0.201	0.057
GTG	0.163	0.126	0.093	0.226	0.155	0.213	0.153	0.139	0.165	0.245
GCT	0.677	0.772	0.492	0.681	0.706	0.833	0.638	0.579	0.904	0.85
GCC	0.488	0.556	0.354	0.49	0.508	0.6	0.459	0.417	0.651	0.612
GCA	0.308	0.386	0.281	0.292	0.294	0.256	0.232	0.316	0.201	0.114
GCG	0.099	0.124	0.16	0.093	0.094	0.082	0.074	0.101	0.165	0.093
GAT	0.433	0.305	0.278	0.342	0.439	0.366	0.382	0.439	0.353	0.348
GAC	0.985	0.694	0.632	0.778	1	0.833	0.87	1	0.803	0.794
GAA	0.862	0.694	0.632	0.778	1	0.833	0.696	0.842	0.402	0.17
GAG	0.399	0.454	0.272	0.444	0.496	0.459	0.339	0.375	0.731	0.82
GGT	0.433	0.406	0.339	0.299	0.413	0.422	0.382	0.347	0.353	0.373
GGC	0.985	0.926	0.772	0.681	0.941	0.962	0.87	0.79	0.803	0.85
GGA	0.185	0.154	0.281	0.195	0.176	0.128	0.232	0.158	0.301	0.312
GGG	0.182	0.126	0.16	0.16	0.174	0.169	0.19	0.156	0.197	0.1