# Supplementary Data for:
#
# S Pechmann & J Frydman. Evolutionary conservation of codon optimality reveals
# hidden signatures of co-translational folding. Nat Struct Mol Biol (2012)
#
#
# Optimal (O) and nonoptimal (N) codons as defined in nTE:
#
# S.cerevisiae (Scer), C.glabrata (Cgla), D.hansenii (Dhan), K.lactis (Klac),
# S.bayanus (Sbay), S.kluyveri (Sklu), S.mikatae (Smik), S.paradoxus (Spar),
# S.pombe (Spom), Y.lipolytica (Ylip)
#
# Codons are optimal if supply (tRNA availability) exceeds demans (codon usage),
# and nonoptimal otherwise.

codon	Scer	Cgla	Dhan	Klac	Sbay	Sklu	Smik	Spar	Spom	Ylip
TTT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
TTC	O	O	O	N	O	O	O	O	O	O
TTA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
TTG	O	O	N	O	O	O	N	N	N	N
TCT	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
TCC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
TCA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
TCG	N	N	N	N	N	N	N	N	O	N
TAT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
TAC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	N
TGT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
TGC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
TGG	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
CTT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
CTC	N	N	O	N	N	N	N	N	O	N
CTA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
CTG	N	N	O	N	N	N	N	N	N	N
CCT	N	N	N	N	N	N	N	N	O	O
CCC	N	N	N	N	N	N	N	N	O	N
CCA	O	O	O	O	O	O	O	O	N	N
CCG	O	O	O	O	O	O	O	O	O	N
CAT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
CAC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
CAA	N	N	N	N	N	O	N	N	N	N
CAG	N	N	O	O	O	N	N	N	O	N
CGT	O	O	O	O	O	O	O	O	O	N
CGC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	N
CGA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
CGG	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
ATT	O	O	N	O	O	O	O	O	O	O
ATC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
ATA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
ATG	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
ACT	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
ACC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	N
ACA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
ACG	N	O	N	O	N	N	N	N	O	N
AAT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
AAC	O	O	O	O	N	N	O	O	O	N
AAA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
AAG	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
AGT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
AGC	N	O	O	O	O	O	N	O	O	O
AGA	O	O	O	O	O	O	O	O	N	N
AGG	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
GTT	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
GTC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
GTA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
GTG	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
GCT	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
GCC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	N
GCA	N	O	N	N	N	N	N	N	N	N
GCG	N	N	O	N	N	N	N	N	O	N
GAT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
GAC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
GAA	N	N	N	N	O	N	N	N	N	N
GAG	O	N	N	O	O	N	N	N	O	N
GGT	N	N	N	N	N	N	N	N	N	O
GGC	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O
GGA	N	N	N	N	N	N	N	N	N	N
GGG	O	O	O	O	O	O	O	O	O	O