# Supplementary Data for:
#
# S Pechmann & J Frydman. Evolutionary conservation of codon optimality reveals
# hidden signatures of co-translational folding. Nat Struct Mol Biol (2012)
#
#
# Normalized translational efficiency scales
#
# S.cerevisiae (Scer), C.glabrata (Cgla), D.hansenii (Dhan), K.lactis (Klac),
# S.bayanus (Sbay), S.kluyveri (Sklu), S.mikatae (Smik), S.paradoxus (Spar),
# S.pombe (Spom), Y.lipolytica (Ylip)

codons	Scer	Cgla	Dhan	Klac	Sbay	Sklu	Smik	Spar	Spom	Ylip
TTT	0.096	0.081	0.042	0.091	0.139	0.125	0.12	0.079	0.073	0.298
TTC	0.285	0.205	0.126	0.162	0.353	0.387	0.338	0.207	0.423	0.431
TTA	0.147	0.1	0.067	0.099	0.239	0.142	0.151	0.11	0.08	0.499
TTG	0.227	0.228	0.062	0.19	0.328	0.311	0.044	0.032	0.2	0.222
TCT	0.248	0.275	0.092	0.19	0.486	0.384	0.236	0.174	0.251	0.596
TCC	0.292	0.352	0.146	0.264	0.453	0.439	0.281	0.2	0.471	0.424
TCA	0.095	0.076	0.042	0.084	0.195	0.15	0.12	0.082	0.125	0.206
TCG	0.133	0.155	0.044	0.141	0.177	0.185	0.148	0.097	0.231	0.191
TAT	0.106	0.102	0.038	0.1	0.138	0.196	0.098	0.062	0.085	0.681
TAC	0.284	0.248	0.129	0.254	0.348	0.329	0.298	0.178	0.37	0.352
TGT	0.122	0.119	0.066	0.13	0.146	0.264	0.106	0.064	0.16	0.394
TGC	0.513	0.575	0.394	0.661	0.482	0.943	0.397	0.258	0.605	0.861
TGG	0.312	0.348	0.123	0.301	0.506	0.433	0.296	0.22	0.293	0.705
CTT	0.021	0.025	0.055	0.025	0.026	0.044	0.02	0.014	0.203	0.944
CTC	0.112	0.141	0.106	0.134	0.109	0.181	0.094	0.072	0.533	0.38
CTA	0.125	0.17	0	0.114	0.152	0.183	0.125	0.083	0.127	0.287
CTG	0.052	0.063	0.088	0.085	0.051	0.125	0.049	0.032	0.225	0.222
CCT	0.083	0.054	0.022	0.06	0.114	0.104	0.082	0.055	0.29	0.781
CCC	0.125	0.117	0.058	0.136	0.118	0.257	0.114	0.076	0.572	0.366
CCA	0.285	0.23	0.097	0.268	0.342	0.443	0.249	0.225	0.174	0.385
CCG	0.37	0.378	0.144	0.338	0.331	0.509	0.277	0.242	0.398	0.334
CAT	0.127	0.145	0.046	0.095	0.154	0.208	0.115	0.083	0.116	0.385
CAC	0.483	0.485	0.234	0.461	0.54	0.526	0.467	0.334	0.693	0.509
CAA	0.176	0.157	0.072	0.164	0.239	0.336	0.135	0.119	0.155	0.24
CAG	0.181	0.196	0.087	0.171	0.279	0.23	0.099	0.117	0.317	0.281
CGT	0.473	0.447	0.262	0.326	0.616	0.586	0.408	0.284	0.498	0.109
CGC	1	1	1	1	0.956	0.937	0.724	0.554	0.979	0.135
CGA	0.00013	0	0	0	0	0	0	0	0.135	0.564
CGG	0.363	0.334	0.234	0.442	0.274	0.496	1	1	0.476	0.64
ATT	0.23	0.221	0.076	0.198	0.329	0.411	0.238	0.145	0.237	0.661
ATC	0.28	0.24	0.121	0.19	0.304	0.35	0.286	0.175	0.482	0.436
ATA	0.069	0.074	0.032	0.056	0.084	0.09	0.032	0.065	0.082	0.468
ATG	0.261	0.215	0.106	0.233	0.366	0.458	0.29	0.195	0.355	0.485
ACT	0.281	0.297	0.117	0.219	0.486	0.491	0.271	0.212	0.319	0.861
ACC	0.318	0.376	0.146	0.278	0.433	0.414	0.316	0.258	0.511	0.353
ACA	0.131	0.111	0.038	0.1	0.161	0.132	0.156	0.088	0.155	0.219
ACG	0.166	0.241	0.066	0.181	0.177	0.215	0.187	0.105	0.276	0.245
AAT	0.072	0.082	0.024	0.069	0.095	0.157	0.067	0.045	0.085	0.575
AAC	0.216	0.231	0.104	0.193	0.249	0.279	0.218	0.146	0.369	0.291
AAA	0.094	0.059	0.053	0.084	0.12	0.124	0.09	0.061	0.079	0.235
AAG	0.263	0.22	0.111	0.236	0.327	0.382	0.283	0.18	0.417	0.388
AGT	0.035	0.061	0.018	0.053	0.086	0.131	0.032	0.046	0.096	0.3
AGC	0.119	0.218	0.083	0.208	0.26	0.329	0.113	0.155	0.36	0.43
AGA	0.265	0.257	0.122	0.243	0.319	0.515	0.228	0.234	0.19	0.378
AGG	0.281	0.321	0.2	0.349	0.328	0.455	0.237	0.207	0.356	1
GTT	0.318	0.307	0.127	0.232	0.484	0.503	0.296	0.213	0.31	0.902
GTC	0.421	0.396	0.231	0.315	0.495	0.559	0.402	0.28	0.63	0.452
GTA	0.097	0.117	0.028	0.068	0.13	0.1	0.091	0.064	0.17	0.394
GTG	0.134	0.089	0.042	0.146	0.149	0.247	0.128	0.088	0.209	0.198
GCT	0.247	0.296	0.097	0.23	0.431	0.501	0.292	0.188	0.298	0.673
GCC	0.31	0.397	0.15	0.368	0.39	0.515	0.351	0.217	0.575	0.351
GCA	0.171	0.213	0.069	0.14	0.232	0.242	0.14	0.14	0.131	0.246
GCG	0.145	0.195	0.119	0.137	0.171	0.197	0.123	0.113	0.32	0.245
GAT	0.101	0.068	0.026	0.066	0.146	0.156	0.094	0.078	0.093	0.342
GAC	0.41	0.273	0.14	0.338	0.508	0.454	0.412	0.332	0.532	0.411
GAA	0.159	0.141	0.051	0.13	0.255	0.257	0.142	0.121	0.092	0.221
GAG	0.185	0.15	0.067	0.183	0.302	0.268	0.161	0.132	0.353	0.324
GGT	0.139	0.123	0.055	0.09	0.213	0.211	0.15	0.099	0.164	0.429
GGC	0.889	0.974	0.494	0.851	1	1	0.84	0.548	1	0.777
GGA	0.159	0.151	0.081	0.133	0.202	0.233	0.187	0.107	0.197	0.33
GGG	0.275	0.222	0.107	0.22	0.268	0.433	0.27	0.172	0.479	0.694