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AmitkRoi

AmitkRoi —

Synopsis




#define     AMITK_ROI_TYPE                  (roi)
#define     AMITK_ROI_ISOCONTOUR_MIN_VALUE  (roi)
#define     AMITK_ROI_ISOCONTOUR_MAX_VALUE  (roi)
#define     AMITK_ROI_ISOCONTOUR_RANGE      (roi)
#define     AMITK_ROI_VOXEL_SIZE            (roi)
#define     AMITK_ROI_UNDRAWN               (roi)
#define     AMITK_ROI_TYPE_ISOCONTOUR       (roi)
#define     AMITK_ROI_TYPE_FREEHAND         (roi)
#define     AMITK_ROI_GRANULARITY
enum        AmitkRoiType;
enum        AmitkRoiIsocontourRange;
AmitkRoi*   amitk_roi_new                   (AmitkRoiType type);
GSList*     amitk_roi_get_intersection_line (const AmitkRoi *roi,
                                             const AmitkVolume *canvas_slice,
                                             const amide_real_t pixel_dim);
GSList*     amitk_roi_free_points_list      (GSList *list);
AmitkDataSet* amitk_roi_get_intersection_slice
                                            (const AmitkRoi *roi,
                                             const AmitkVolume *canvas_slice,
                                             const amide_real_t pixel_dim,
                                             const gboolean fill_map_roi);
void        amitk_roi_set_voxel_size        (AmitkRoi *roi,
                                             AmitkPoint voxel_size);
void        amitk_roi_calc_far_corner       (AmitkRoi *roi);
void        amitk_roi_set_isocontour        (AmitkRoi *roi,
                                             AmitkDataSet *ds,
                                             AmitkVoxel start_voxel,
                                             amide_data_t isocontour_min_value,
                                             amide_data_t isocontour_max_value,
                                             AmitkRoiIsocontourRange isocontour_range);
void        amitk_roi_manipulate_area       (AmitkRoi *roi,
                                             gboolean erase,
                                             AmitkVoxel erase_voxel,
                                             gint area_size);
AmitkPoint  amitk_roi_get_center_of_mass    (AmitkRoi *roi);
void        amitk_roi_set_type              (AmitkRoi *roi,
                                             AmitkRoiType new_type);
void        amitk_roi_calculate_on_data_set (const AmitkRoi *roi,
                                             const AmitkDataSet *ds,
                                             const guint frame,
                                             const guint gate,
                                             const gboolean inverse,
                                             const gboolean accurate,
                                             void (*calculation) (),
                                             gpointer data);
void        amitk_roi_erase_volume          (const AmitkRoi *roi,
                                             AmitkDataSet *ds,
                                             const gboolean outside,
                                             AmitkUpdateFunc update_func,
                                             gpointer update_data);
const gchar* amitk_roi_type_get_name        (const AmitkRoiType roi_type);
amide_real_t amitk_rois_get_max_min_voxel_size
                                            (GList *objects);

Description

Details

AMITK_ROI_TYPE()

#define AMITK_ROI_TYPE(roi)                  (AMITK_ROI(roi)->type)

roi :

AMITK_ROI_ISOCONTOUR_MIN_VALUE()

#define AMITK_ROI_ISOCONTOUR_MIN_VALUE(roi)  (AMITK_ROI(roi)->isocontour_min_value)

roi :

AMITK_ROI_ISOCONTOUR_MAX_VALUE()

#define AMITK_ROI_ISOCONTOUR_MAX_VALUE(roi)  (AMITK_ROI(roi)->isocontour_max_value)

roi :

AMITK_ROI_ISOCONTOUR_RANGE()

#define AMITK_ROI_ISOCONTOUR_RANGE(roi)      (AMITK_ROI(roi)->isocontour_range)

roi :

AMITK_ROI_VOXEL_SIZE()

#define AMITK_ROI_VOXEL_SIZE(roi)            (AMITK_ROI(roi)->voxel_size)

roi :

AMITK_ROI_UNDRAWN()

#define AMITK_ROI_UNDRAWN(roi)               (!AMITK_VOLUME_VALID(roi))

roi :

AMITK_ROI_TYPE_ISOCONTOUR()

#define     AMITK_ROI_TYPE_ISOCONTOUR(roi)

roi :

AMITK_ROI_TYPE_FREEHAND()

#define     AMITK_ROI_TYPE_FREEHAND(roi)

roi :

AMITK_ROI_GRANULARITY

#define AMITK_ROI_GRANULARITY 4 /* # subvoxels in one dimension, so 1/64 is grain size */

enum AmitkRoiType

typedef enum {
  AMITK_ROI_TYPE_ELLIPSOID, 
  AMITK_ROI_TYPE_CYLINDER, 
  AMITK_ROI_TYPE_BOX, 
  AMITK_ROI_TYPE_ISOCONTOUR_2D, 
  AMITK_ROI_TYPE_ISOCONTOUR_3D, 
  AMITK_ROI_TYPE_FREEHAND_2D,
  AMITK_ROI_TYPE_FREEHAND_3D,
  AMITK_ROI_TYPE_NUM
} AmitkRoiType;

enum AmitkRoiIsocontourRange

typedef enum {
  AMITK_ROI_ISOCONTOUR_RANGE_ABOVE_MIN,
  AMITK_ROI_ISOCONTOUR_RANGE_BELOW_MAX,
  AMITK_ROI_ISOCONTOUR_RANGE_BETWEEN_MIN_MAX,
  AMITK_ROI_ISOCONTOUR_RANGE_NUM
} AmitkRoiIsocontourRange;

amitk_roi_new ()

AmitkRoi*   amitk_roi_new                   (AmitkRoiType type);

type :
Returns :

amitk_roi_get_intersection_line ()

GSList*     amitk_roi_get_intersection_line (const AmitkRoi *roi,
                                             const AmitkVolume *canvas_slice,
                                             const amide_real_t pixel_dim);

roi :
canvas_slice :
pixel_dim :
Returns :

amitk_roi_free_points_list ()

GSList*     amitk_roi_free_points_list      (GSList *list);

list :
Returns :

amitk_roi_get_intersection_slice ()

AmitkDataSet* amitk_roi_get_intersection_slice
                                            (const AmitkRoi *roi,
                                             const AmitkVolume *canvas_slice,
                                             const amide_real_t pixel_dim,
                                             const gboolean fill_map_roi);

roi :
canvas_slice :
pixel_dim :
fill_map_roi :
Returns :

amitk_roi_set_voxel_size ()

void        amitk_roi_set_voxel_size        (AmitkRoi *roi,
                                             AmitkPoint voxel_size);

roi :
voxel_size :

amitk_roi_calc_far_corner ()

void        amitk_roi_calc_far_corner       (AmitkRoi *roi);

roi :

amitk_roi_set_isocontour ()

void        amitk_roi_set_isocontour        (AmitkRoi *roi,
                                             AmitkDataSet *ds,
                                             AmitkVoxel start_voxel,
                                             amide_data_t isocontour_min_value,
                                             amide_data_t isocontour_max_value,
                                             AmitkRoiIsocontourRange isocontour_range);

roi :
ds :
start_voxel :
isocontour_min_value :
isocontour_max_value :
isocontour_range :

amitk_roi_manipulate_area ()

void        amitk_roi_manipulate_area       (AmitkRoi *roi,
                                             gboolean erase,
                                             AmitkVoxel erase_voxel,
                                             gint area_size);

roi :
erase :
erase_voxel :
area_size :

amitk_roi_get_center_of_mass ()

AmitkPoint  amitk_roi_get_center_of_mass    (AmitkRoi *roi);

roi :
Returns :

amitk_roi_set_type ()

void        amitk_roi_set_type              (AmitkRoi *roi,
                                             AmitkRoiType new_type);

roi :
new_type :

amitk_roi_calculate_on_data_set ()

void        amitk_roi_calculate_on_data_set (const AmitkRoi *roi,
                                             const AmitkDataSet *ds,
                                             const guint frame,
                                             const guint gate,
                                             const gboolean inverse,
                                             const gboolean accurate,
                                             void (*calculation) (),
                                             gpointer data);

roi :
ds :
frame :
gate :
inverse :
accurate :
calculation :
data :

amitk_roi_erase_volume ()

void        amitk_roi_erase_volume          (const AmitkRoi *roi,
                                             AmitkDataSet *ds,
                                             const gboolean outside,
                                             AmitkUpdateFunc update_func,
                                             gpointer update_data);

roi :
ds :
outside :
update_func :
update_data :

amitk_roi_type_get_name ()

const gchar* amitk_roi_type_get_name        (const AmitkRoiType roi_type);

roi_type :
Returns :

amitk_rois_get_max_min_voxel_size ()

amide_real_t amitk_rois_get_max_min_voxel_size
                                            (GList *objects);

objects :
Returns :
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